Le risque le plus important pour la population et l'écosystème est un lahar. C'est pourquoi les autorités irlandaises ont déclaré un état d'urgence. Toute la zone autour du cratère a été interdite d'accès en raison de la dangerosité des cendres et des éclairs du panache.
Lors de la seconde phase d'éruption, le volcan Eyjafjöll a émis entre 150 000 et 300 000 tonnes de dioxyde de carbone. Ce phénomène représente une menace pour le bétail et la faune à cause des risques respiratoires qu'il entraîne.
Les végétaux sont également menacés. En effet, les retombées des cendres riches en gaz et en acide sulfureux sont nocives pour les plantes. Une épaisse couche de cendres s'étend sur plusieurs milliers d'hectares à l'est du volcan.
Comme dit précédemment, les lahars sont une des menaces les plus importantes. Ils peuvent détruire des routes, des habitations et des fermes.
En 1996, au Sud de l'Islande, suite à une éruption du volcan Grímsvötn, un jökulhlaup s'était formé à partir du glacier des volcans et avait fait quinze millions de dollars de dégâts, provoquant une inondation sur cinquante kilomètres, submergeant ainsi un parc National et détruisant de nombreux ponts. Les jökulhlaups d'Eyjafjöll n'ont fait ni victime ni blessé grâce à la fermeture de la Route 1 et l'évacuation préventive des habitants.
Conséquences du jökulhlaup de 1996 :
Les scientifiques se sont questionnés pendant longtemps sur l'impact climatique que pouvait provoquer le panache d'Eyjafjöll. Il s'est avéré que même si les émissions de la deuxième phase éruptive étaient plus importantes que lors de la première phase elles restaient minimes. Il y a donc peu d'émissions de gaz à effet de serre.
Les régions alentour du volcan ont été recouvertes d'une couche fine de cendres. De ce fait, il est important de porter un masque pour pouvoir respirer correctement. De plus, les retombées de cendres peuvent aussi polluer de nombreuses rivières.
Toit recouvert de cendres à Seljavellir :

De même, de grosses inquiétudes concernant la possibilité d'une éruption du Laki ont vu le jour. Il s'agirait de la menace la plus importante pour l'Europe.
Le Laki étant un volcan fissural, il avait émis en 1783 d'énormes nuages d'anhydride sulfureux et de fluorine qui ont décimé un quart de la population irlandaise et ont eu de sérieuses répercussions sur la majeure partie du nord-ouest du continent européen.
S'il entrait en éruption, il y aurait de sévères conséquences sur la santé humaine et la faune.
Le Laki :